Yunan yönetimi, Lozan Anlaşması’nda Batı Trakya azınlığıyla ilgili kullanılan “Müslüman” teriminden yola çıkarak Batı Trakya’da yaşayan azınlığın Türk değil, Müslüman olduğunu iddia etmektedir. Lozan Anlaşması’nda “Türk” yerine “Müslüman” ibaresinin kullanıldığı doğru olmakla birlikte bu, temelde iki nedene dayanmaktadır. İlk neden, Batı Trakya azınlığının Yunan uyrukluğunda, Türkiye’deki Yunan azınlığının da Türk uyrukluğunda bulunmasından dolayı bu azınlıkların ayırt edilebilmeleri için din öğesinin kullanılmasının hem zorunlu, hem de tarihsel geleneğe uygun olmasıdır. Diğer neden ise, Osmanlı İmparatorluğu’nda etnik temelli “ulus” yerine din temelli “millet” gerçeğinin ve bilincinin hakim olmasıdır. Yunan yönetimi azınlığın “Müslüman” kimliğini öne çıkararak ve etnik kökenini redderek Türkiye Cumhuriyeti’nin bölgede yaşayan azınlık üzerinde herhangi bir şekilde söz sahibi olmasını engellemek istemektedir. Öte yandan, azınlığın da Türkiye’ye herhangi bir şekilde yakınlık ya da aidiyet hissetmesi engellenerek asimilasyon süreci hızlandırılmak istenmektedir. Nitekim Yunan yönetimi, sadece Türklerin değil, ülkede yaşayan Makedon ve Arnavutların da etnik kimliğini tanımamaktadır.
Yunanistan, geçmişteki uygulamalarıyla aslında Batı Trakya’daki Türk varlığını kabul etmiştir. Nitekim 30 Ocak 1923’te imzalanan “Türk-Rum Ahalinin Mübadelesi Ahitnamesi” adını taşıyan sözleşmede de “Türk” ve “Rum” ifadeleri kullanılmaktadır. 1954 yılında çıkarılan yasa da “Batı Trakya’daki Türk Okullarının İşleyişi ve Denetimi Hakkında” başlığını taşımaktadır. Bu dönemde azınlığa ait okulların tabelalarında da “Türk Okulu” ifadesi yer almaktadır.
Batı Trakyalılar kendilerini Osmanlı torunları olarak kabul etmektedir. Onlar, Müslüman ve Türk kimliklerini birbirinden ayrılmaz iki parça olarak değerlendirmektedirler. Bu nedenle, Batı Trakyalı Müslüman Türklerin gözünde Türkiye sadece soydaşlarının yaşadığı bir ülke değil, aynı zamanda uğruna yıllardır mücadele verdikleri Müslüman Türk kimliğinin hayat bulduğu yerdir. Bölgede Türk ve Müslüman kimlikleri o kadar iç içe geçmiştir ki, çoğu zaman biri diğerinin yerine kullanılabilmektedir. Hatta Batı Trakyalılar bölgede yaşayan tüm Müslümanları etnik kökenine bakılmaksızın Türk olarak kabul etmektedirler.
Batı Trakya’da hem etnik köken esas alınarak bir seçim yapılmadığından hem de gruplar arasındaki evlilik bağlarından ve yakın ilişkilerden dolayı bölgede ne kadar Türk, Pomak ve Çingene yaşadığı bilinmemektedir. Ancak, Müslüman Türk azınlığın etnik kimliğini reddeden ve azınlığın tamamını “Müslüman azınlık” olarak tanımlayan Yunan yönetimi, Batı Trakyalıları etnik aidiyete göre sınıflandırma söz konusu olduğunda bu grupları kesin bir şekilde birbirinden ayırmaktadır. Buna karşılık, Batı Trakya’da özellikle köylerde yaşayan Pomaklar, Türk ve Müslüman kimliklerini eşdeğer kullanmaktadırlar. Pomak aileler, konuşma dili olarak Türkçe’yi tercih ettiklerini ve çocuklarına Türkçe’yi öğrettiklerini söylemektedirler. Çünkü, Türkçe konuşmak Müslüman kimliğinin olmazsa olmazı olarak görülmektedir. ABD’nin 1993-2004 yılları arasındaki Yunanistan ile ilgili tüm raporlarında Pomakların kendilerini Müslüman ve Türk olarak tanımladıkları vurgulanmaktadır. Batı Trakya’daki diğer Müslümanlar gibi onlar da Yunan hükümetinin sadece Müslüman kimliğini tanıması ve Türk kimliğini reddetmesinden rahatsızlık duymaktadırlar.
Diğer taraftan ise, Yunan resmi makamları, Batı Trakya’da yaşayan Türk azınlığın etnik kimliğini reddetme ve azınlık mensuplarını Müslüman olarak tanımlama yönündeki ısrarlı tutumunu devam ettirmektedir. Etnik kimlik yerine dinî kimliği ön plana çıkararak azınlığın Türkiye ile bağlarını zayıflatmayı amaçlayan Yunan yönetimi, azınlığı Türk, Pomak ve Çingenelerden oluşan karmaşık bir topluluk olarak tanımlamaktadır. Ancak geçmişte olduğu gibi bugün de Batı Trakya’da böylesine kesin bir ayrım söz konusu olmamıştır.
Bugüne kadar, Yunan yönetimi tarafından Türk kimliğinin tanınması yönünde olumlu herhangi bir adım atılmamakla birlikte, dönemin Dışişleri Bakanı Yorgo Papandreu 1999 yılında verdiği bir demeçte “Hiç kimse Batı Trakya’da Türk kökenli Müslümanların varlığını inkar edemez. Sınırlar zorlanmadığı takdirde benim için bir Batı Trakyalının kendisini Türk, Bulgar veya Pomak olarak tanımlamasının bir önemi yoktur” demiştir. Bu ifade koşullu olmakla birlikte Türk kimliğini kabul etmek olarak algılansa da, resmi olarak bundan sonraki süreçte Türk kimliğini tanımaya yönelik bir gelişme olmamıştır.
Batı Trakya’da Müslüman Türk azınlık tarafından kurulan dernek ve vakıf gibi sivil toplum kuruluşlarının isminde “Türk” ifadesinin yer alması Yunan yönetimi tarafından kabul edilmemektedir. Geçmişte olduğu gibi bugün de bir derneğin tabelasında Türk ifadesinin yer alması en önemli kapatma nedeni olabilmektedir. Bu sebepten dolayı 1984 yılında İskeçe Türk Birliği ve Gümülcine Türk Gençler Birliği, 1985 yılında da Batı Trakya Türk Öğretmenler Birliği kapatılmıştır. 21 Mart 2001 tarihinde kurulan Rodop İli Türk Kadınları Kültür Derneği’nin de 20 Eylül 2002 tarihinde Rodop İstinaf Mahkemesi’nde görüşülen davasının kararı ise 17 Ocak 2003 tarihinde açıklanmış ve mahkeme; ismindeki “Türk” kelimesi nedeniyle, böyle bir derneğin kurulamayacağını belirtmiştir.
1984 yılından bu yana devam eden İskeçe Türk Birliği’nin kapatma davası nihayet Şubat 2005’te sonuçlanmıştır. Yunanistan Yargıtay Genel Kurulu, 7 Şubat 2005 tarihli karara göre, savcının “Birliğin Yunanistan’da yaşayan bir Türk azınlığı olduğunu ileri sürme, çabalarıyla yabancı bir ülkenin çıkarlarına hizmet ettiği ve var olmayan bir azınlık sorunu yarattığına” yönelik iddialarını kabul ederek, İskeçe Türk Birliği’nin temyiz başvurusunu reddetmiştir. Bunun üzerine Avrupa Batı Trakya Türk Federasyonu (ABTTF) ve Avrupa çapında ABTTF’ye üye 29 Batı Trakya Türk derneği öncülüğünde karar kınanmak üzere geniş çaplı bir imza kampanyası başlatılmış ve dava Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi’ne (AİHM) taşınmıştır. Batı Trakyalılar, siyasi bir baskı olmadığı sürece AİHM’den kararın lehlerine çıkacağını düşünmektedirler. Öte yandan, Lozan Anlaşması çerçevesinde azınlık hakları belirlenen İstanbul’da yaşayan Rum azınlık ise okul, hastane ve diğer kurumlarda resmen “Rum” ifadesini kullanmaktadırlar. Aynı şekilde, Rum ifadesi dinî bir kimliği değil etnik kimliği tanımlayıcı bir ifade olarak kullanılmaktadır.
Yunan yönetimi Batı Trakya’da Türk kimliğini inkar ettiği gibi, Türk kültür varlığının mevcudiyetini de kabul etmemektedir. Batı Trakya’da Osmanlı mirası olan ibadete açık 300’e yakın cami bulunmaktadır. Camilerin bir kısmı tamamen yıkılmış ya da tahrip edilmiştir. Örneğin Dedeağaç’taki Osmanlı eserlerinin tamamına yakını yıkılmıştır. Bu camilerin tamir edilmesi veya genişletilmesi yönündeki çabaların önüne sürekli bürokratik engeller çıkarılmaktadır. Ayrıca Yunan yönetimi yeni cami inşası konusunda da sorun çıkarmaktadır. 2000 yılında Koyunköy’de, kilise çanından yüksek olacağı gerekçesiyle cami minaresinin tamamlanmasına izin verilmemiş ve caminin restorasyonunda görev alan üç Batı Trakyalı Türk hapse atılmıştır. Uluslararası platformda geniş yer bulan bu caminin restorasyonu bugün tamamlanmış olup cami ibate açılmıştır. Bunun yanında son yıllarda yeni cami yapımı ve restorasyonu konusunda da bazı ilerlemeler kaydedilmiştir. Cami, türbe ve mezarlıklara yönelik saldırlar da geçmişe oranla azalmış durumdadır. Bununla birlikte, azınlıklar ile ilgili olarak oluşan gergin ortamlarda bu saldırılar yeniden gündeme gelmektedir. 7 Mart 2004’te genel seçimlerin yapıldığı gün İskeçe’ye bağlı tarihî Okçular Camii fanatik Yunanlılar tarafından yakılmıştır. Bu camii, Karamanlis hükümetinin inisiyatifiyle 15 ay içerisinde aslına uygun olarak restore edilmiş ve 12 Temmuz 2005’te ibadete açılmak üzere caminin asıl sahibi olan Vakıf Heyetine teslim edilmiştir.
Yerel makamlar tarafından yayımlanan, Batı Trakya’yı tanıtan kitap ve broşürlerin, bölgedeki altı yüzyıllık Osmanlı kültürel mirasına hiç atıfta bulunmamaları dikkat çekicidir. Doğu Makedonya – Trakya Bölge Sekreterliği’nin Batı Trakya’nın kültürel özelliklerini tanıtmak amacıyla 1998 yılında yayımladığı kitapta da Türk kültür mirası yok sayılmıştır. “Trakya demir çağından bu yana Elendir” cümlesiyle başlayan kitapta halen ayakta kalabilen 36 Türk tarihî eserinden hiçbir örnek verilmemiştir.
